Seminar: Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik - Details

Allgemeine Informationen

Veranstaltungsname	Seminar: Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik
Untertitel	SR 2.25
Veranstaltungsnummer	INF.01073.01
Semester	SS 2020
Aktuelle Anzahl der Teilnehmenden	2
erwartete Teilnehmendenanzahl	15
Heimat-Einrichtung	Bioinformatik
beteiligte Einrichtungen	Institut für Informatik, Praktische Informatik (Bioinformatik)
Veranstaltungstyp	Seminar in der Kategorie Offizielle Lehrveranstaltungen
Erster Termin	Dienstag, 14.04.2020 10:15 - 11:45
Lehrsprache(n)	Deutsch
Studiengänge (für)	Master Bioinformatik, Master Informatik, Diplom Bioinformatik (Hauptstudium)
SWS	2
ECTS-Punkte	5

Lehrende

• Dr. rer. nat. Jan Grau

Themen

Metagenomics, Long-Read-Assembly, HiC-Daten, Single cell omics, t-SNE/UMAP, Imputation, Sars-Cov2

Räume und Zeiten

Keine Raumangabe

Dienstag: 10:15 - 11:45, wöchentlich

Studienbereiche

• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Fachrichtungen > Bioinformatik
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Master
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Themen > Bio-Informatik
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Themen > Mustererkennung
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Themen > Programmierung

Modulzuordnungen

• Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung gültig ab SoSe 2023 > Bioinformatik (HI) (Anteil gem. § 5 Abs. 4-6, Anlage 2) > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, gültig ab WS 2006/07 > LV 1: Kursus (Seminar)
• Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2016/17 - WS 2022/23) > Bioinformatik (HI) > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, gültig ab WS 2006/07 > LV 1: Kursus (Seminar)
• Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2009/10 - SS 2016) > Bioinformatik > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, gültig ab WS 2006/07 > LV 1: Kursus (Seminar)
• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2006/07 - SS 2013) > Primärmodule > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, gültig ab WS 2006/07 > LV 1: Kursus (Seminar)
• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung gültig ab SoSe 2023 > Vertiefende Module der Vertiefungsrichtung `Bioinformatik` > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, gültig ab WS 2006/07 > LV 1: Kursus (Seminar)

Kommentar/Beschreibung

In diesem Seminar beschäftigen wir uns mit aktuellen Fragestellungen und deren Lösungsansätzen im Bereich der Bioinformatik. Ein Schwerpunkt liegt hierbei auf Publikationen der letzten Jahre, die sich u.a. mit der Vorhersage von miRNA-Zielen, der de-novo Motiverkennung oder allgemein der statistischen Mustererkennung beschäftigen. Insbesondere die Untersuchung und der Vergleich verschiedener methodischer (Lern-) Ansätze sind hierbei von Interesse. Neben der theoretischen Auseinandersetzung ist auch die praktische Umsetzung eines (überschaubaren) Teiles der vorgestellten Methoden Teil der Veranstaltung. Um die praktische Umsetzung zu erleichtern, wird es in den ersten Wochen des Seminars eine überblicksartige Einführung in verschiedene Programmierbibliotheken geben.

Zu diesem Zweck wird jede/r Teilnehmer/in im ersten Teil der Veranstaltung einen wissenschaftlichen Vortrag zu einer speziellen Publikation oder zu einem abgegrenzten Themenbereich halten. Im Rahmen der Diskussion des Vortrages soll auch diskutiert werden, welche methodischen Teile sich für eine praktische Umsetzung eignen. In einer anschließenden Phase des Selbststudiums erfolgt die Umsetzung der Methodik und - soweit verfügbar - der Test auf den Originaldaten der Publikation. Die Ergebnisse werden schließlich in einem zweiten Kurzvortrag vorgestellt und mit allen Teilnehmer/innen diskutiert.
Die schriftliche Ausarbeitung, die 15 Seiten nicht übersteigen sollte, stellt schließlich die Originalpublikation (bzw. den Themenbereich) dar und berichtet über die praktische Umsetzung.