Vorlesung/Übung: Algorithmen auf Sequenzen II - Details

General information

Course name	Vorlesung/Übung: Algorithmen auf Sequenzen II
Course number	INF 00893
Semester	WiSe 2025/26
Current number of participants	16
Home institute	Leitung des Instituts für Informatik
participating institutes	Bioinformatik, Praktische Informatik (Bioinformatik)
Courses type	Vorlesung/Übung in category Offizielle Lehrveranstaltungen
Next date	Thursday, 08.01.2026 14:15 - 15:45, Room: Seminarraum 1.30 [VSP 1] (Informatik)
Pre-requisites	Modul Objektorientiere Programmierung (Modulleistung) Modul Datenstrukturen und effizierte Algorithmen (Modulleistung)
Lehrsprache(n)	Deutsch
Studiengänge (für)	Master Bioinformatik Master Informatik
SWS	2
ECTS points	5

Lehrende

• Dr. rer. nat. Jan Grau
• M. Sc Rene Malsch

Rooms and times

Seminarraum 1.03 [VSP 1] (Informatik)

Tuesday: 12:15 - 13:45, weekly (12x)

Seminarraum 1.30 [VSP 1] (Informatik)

Thursday: 14:15 - 15:45, weekly (14x)

Fields of study

• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Fachrichtungen > Informatik
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Fachrichtungen > Bioinformatik

Module assignments

• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2006/07 - SS 2013) > Sekundärmodule > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 3: Kursus (Übung)
• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2016/17 - WS 2022/23) > Vertiefende Module der Vertiefungsrichtung `Bioinformatik` > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 3: Kursus (Übung)
• Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung valid from SoSe 2023 > Bioinformatik (HI) (Anteil gem. § 5 Abs. 4-6, Anlage 2) > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 3: Kursus (Übung)
• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2006/07 - SS 2013) > Primärmodule > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 3: Kursus (Übung)
• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung valid from SoSe 2023 > Vertiefende Module der Vertiefungsrichtung `Bioinformatik` > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 3: Kursus (Übung)
• Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2009/10 - SS 2016) > Bioinformatik > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 3: Kursus (Übung)
• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2013/14 - SS 2016) > Vertiefende Module der Vertiefungsrichtung `Bioinformatik` > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 3: Kursus (Übung)
• Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2016/17 - WS 2022/23) > Bioinformatik (HI) > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 3: Kursus (Übung)
• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2006/07 - SS 2013) > Sekundärmodule > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 1: Kursus (Vorlesung)
• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2016/17 - WS 2022/23) > Vertiefende Module der Vertiefungsrichtung `Bioinformatik` > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 1: Kursus (Vorlesung)
• Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung valid from SoSe 2023 > Bioinformatik (HI) (Anteil gem. § 5 Abs. 4-6, Anlage 2) > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 1: Kursus (Vorlesung)
• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2006/07 - SS 2013) > Primärmodule > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 1: Kursus (Vorlesung)
• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung valid from SoSe 2023 > Vertiefende Module der Vertiefungsrichtung `Bioinformatik` > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 1: Kursus (Vorlesung)
• Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2009/10 - SS 2016) > Bioinformatik > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 1: Kursus (Vorlesung)
• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2013/14 - SS 2016) > Vertiefende Module der Vertiefungsrichtung `Bioinformatik` > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 1: Kursus (Vorlesung)
• Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2016/17 - WS 2022/23) > Bioinformatik (HI) > INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II, valid from SS 2010 > LV 1: Kursus (Vorlesung)

Comment/Description

Thematisch werden aktuelle Sequenzierverfahren (Next- und Third-Generation) vorgestellt und deren Eigenschaften diskutiert. Es werden Algorithmen und Datenstrukturen für das Mapping (u.a. FM-Index), Assemblierung (OLC, De-Bruijn), für die Erstellung und das Mapping auf Genom-Graphen, die RNA-Sekundärstruktur-Vorhersage (Nussinov, Zuker, kontextfreie Grammatiken) und statistische Sequenzanalyse (Hidden-Markov-Modelle) behandelt.
In Übungsaufgaben werden diese Algorithmen analysiert und implementiert, und eigene Algorithmen für spezifische Teilprobleme entworfen bzw. existierende Algorithmen erweitert.