Seminar: Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik - Details

General information

Course name	Seminar: Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik
Course number	INF.01073.01
Semester	WS 2020/21
Current number of participants	7
expected number of participants	15
Home institute	Bioinformatik
participating institutes	Institut für Informatik, Praktische Informatik (Bioinformatik)
Courses type	Seminar in category Offizielle Lehrveranstaltungen
First date	Tuesday, 03.11.2020 08:00 - 09:30
Studiengänge (für)	Master Bioinformatik, Master Informatik, Diplom Bioinformatik (Hauptstudium)
SWS	2
ECTS points	5

Lecturers

• Dr. rer. nat. Jan Grau

Topics

Techniktest, ab-initio Genvorhersage (Malte), RNA.seq-basierte Transkriptvorhersage (Christian), Bioinformatik Sars-Cov2 (Magnus), Analyse Hi-C (Luise), Deep-Learning (Lukas), long-read Assembly (Antonia), Inferenz für TFs (Manuel)

Rooms and times

No room preference

Thursday: 10:30 - 12:00, weekly

Fields of study

• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Fachrichtungen > Bioinformatik
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Master
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Themen > Bio-Informatik
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Themen > Mustererkennung
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Themen > Programmierung

Module assignments

• Bioinformatik BioinformatikMA120, Version of accreditation valid from SoSe 2023 > Bioinformatik (HI) (Anteil gem. § 5 Abs. 4-6, Anlage 2) > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, valid from WS 2006/07 > Course 1: Course (Seminar)
• Bioinformatik BioinformatikMA120, Version of accreditation (WS 2016/17 - WS 2022/23) > Bioinformatik (HI) > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, valid from WS 2006/07 > Course 1: Course (Seminar)
• Bioinformatik BioinformatikMA120, Version of accreditation (WS 2009/10 - SS 2016) > Bioinformatik > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, valid from WS 2006/07 > Course 1: Course (Seminar)
• Informatik InformatikMA120, Version of accreditation (WS 2006/07 - SS 2013) > Primärmodule > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, valid from WS 2006/07 > Course 1: Course (Seminar)
• Informatik InformatikMA120, Version of accreditation valid from SoSe 2023 > Vertiefende Module der Vertiefungsrichtung `Bioinformatik` > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, valid from WS 2006/07 > Course 1: Course (Seminar)

Comment/Description

In diesem Seminar beschäftigen wir uns mit aktuellen Fragestellungen und deren Lösungsansätzen im Bereich der Bioinformatik. Die Themenvorschläge in diesem Semester umfassen die ab-initio Vorhersage von Genen, Deep-Learning-Ansätze für die Sequenzanalyse und Imputation, die Auswertung von Hi-C-Daten und long-read Sequenzierungsdaten, die Bestimmung von Bindepräferenzen von Transkriptionsfaktoren, die Rekonstruktion von Transkripten aus RNA-seq-Daten und aktuelle bioinformatische Forschung zu Sars-Cov2/Covid-19. Eigene Themenvorschläge sind willkommen.

Die Themenvergabe erfolgt in der ersten Semesterwoche.

Zu jedem Thema wird es mehrere Vorschläge von Originalpublikationen geben. Zwei Publikationen sollen für die Vorstellung im Seminar ausgewählt werden. Dies dürfen - in Absprache mit mir - auch andere Publikationen als die vorgeschlagenen sein.

Die Seminar-Treffen werden wir online über mluConf/BBB abhalten. Der/die Themenverantwortliche wird uns dabei durch die zwei gewählten Publikationen führen. Die Vorbereitung von Vortragsfolien ist nicht erforderlich, sondern die Vorstellung kann anhand der PDFs der Publikationen erfolgen. Zu jeder Seminarstunde sollten aber alle die ausgewählten Publikationen gelesen haben, so dass wir inhaltlich diskutieren können.

Die schriftliche Ausarbeitung, die 15 Seiten nicht übersteigen sollte, stellt schließlich die Originalpublikationen (bzw. den Themenbereich) in einer zusammenfassenden Arbeit dar.