Seminar: Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik - Details

Allgemeine Informationen

Veranstaltungsname	Seminar: Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik
Veranstaltungsnummer	INF.01073.01
Semester	WS 2020/21
Aktuelle Anzahl der Teilnehmenden	7
erwartete Teilnehmendenanzahl	15
Heimat-Einrichtung	Bioinformatik
beteiligte Einrichtungen	Institut für Informatik, Praktische Informatik (Bioinformatik)
Veranstaltungstyp	Seminar in der Kategorie Offizielle Lehrveranstaltungen
Erster Termin	Dienstag, 03.11.2020 08:00 - 09:30
Studiengänge (für)	Master Bioinformatik, Master Informatik, Diplom Bioinformatik (Hauptstudium)
SWS	2
ECTS-Punkte	5

Lehrende

• Dr. rer. nat. Jan Grau

Themen

Techniktest, ab-initio Genvorhersage (Malte), RNA.seq-basierte Transkriptvorhersage (Christian), Bioinformatik Sars-Cov2 (Magnus), Analyse Hi-C (Luise), Deep-Learning (Lukas), long-read Assembly (Antonia), Inferenz für TFs (Manuel)

Räume und Zeiten

Keine Raumangabe

Donnerstag: 10:30 - 12:00, wöchentlich

Studienbereiche

• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Fachrichtungen > Bioinformatik
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Master
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Themen > Bio-Informatik
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Themen > Mustererkennung
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Themen > Programmierung

Modulzuordnungen

• Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung gültig ab SoSe 2023 > Bioinformatik (HI) (Anteil gem. § 5 Abs. 4-6, Anlage 2) > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, gültig ab WS 2006/07 > LV 1: Kursus (Seminar)
• Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2016/17 - WS 2022/23) > Bioinformatik (HI) > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, gültig ab WS 2006/07 > LV 1: Kursus (Seminar)
• Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2009/10 - SS 2016) > Bioinformatik > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, gültig ab WS 2006/07 > LV 1: Kursus (Seminar)
• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2006/07 - SS 2013) > Primärmodule > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, gültig ab WS 2006/07 > LV 1: Kursus (Seminar)
• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung gültig ab SoSe 2023 > Vertiefende Module der Vertiefungsrichtung `Bioinformatik` > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, gültig ab WS 2006/07 > LV 1: Kursus (Seminar)

Kommentar/Beschreibung

In diesem Seminar beschäftigen wir uns mit aktuellen Fragestellungen und deren Lösungsansätzen im Bereich der Bioinformatik. Die Themenvorschläge in diesem Semester umfassen die ab-initio Vorhersage von Genen, Deep-Learning-Ansätze für die Sequenzanalyse und Imputation, die Auswertung von Hi-C-Daten und long-read Sequenzierungsdaten, die Bestimmung von Bindepräferenzen von Transkriptionsfaktoren, die Rekonstruktion von Transkripten aus RNA-seq-Daten und aktuelle bioinformatische Forschung zu Sars-Cov2/Covid-19. Eigene Themenvorschläge sind willkommen.

Die Themenvergabe erfolgt in der ersten Semesterwoche.

Zu jedem Thema wird es mehrere Vorschläge von Originalpublikationen geben. Zwei Publikationen sollen für die Vorstellung im Seminar ausgewählt werden. Dies dürfen - in Absprache mit mir - auch andere Publikationen als die vorgeschlagenen sein.

Die Seminar-Treffen werden wir online über mluConf/BBB abhalten. Der/die Themenverantwortliche wird uns dabei durch die zwei gewählten Publikationen führen. Die Vorbereitung von Vortragsfolien ist nicht erforderlich, sondern die Vorstellung kann anhand der PDFs der Publikationen erfolgen. Zu jeder Seminarstunde sollten aber alle die ausgewählten Publikationen gelesen haben, so dass wir inhaltlich diskutieren können.

Die schriftliche Ausarbeitung, die 15 Seiten nicht übersteigen sollte, stellt schließlich die Originalpublikationen (bzw. den Themenbereich) in einer zusammenfassenden Arbeit dar.