MLU
INF.00894.07 - Algorithmen auf Sequenzen II (Vollständige Modulbeschreibung)
Originalfassung Englisch
INF.00894.07 5 CP
Modulbezeichnung Algorithmen auf Sequenzen II
Modulcode INF.00894.07
Semester der erstmaligen Durchführung
Fachbereich/Institut Institut für Informatik
Verwendet in Studiengängen / Semestern
  • Bioinformatik (MA120 LP) (Master) > Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung gültig ab SoSe 2023 > Bioinformatik (HI) (Anteil gem. § 5 Abs. 4-6, Anlage 2)
  • Bioinformatik (MA120 LP) (Master) > Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2009/10 - SS 2016) > Bioinformatik
  • Bioinformatik (MA120 LP) (Master) > Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2016/17 - WS 2022/23) > Bioinformatik (HI)
  • Informatik (MA120 LP) (Master) > Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung gültig ab SoSe 2023 > Vertiefende Module der Vertiefungsrichtung `Bioinformatik`
  • Informatik (MA120 LP) (Master) > Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2006/07 - SS 2013) > Primärmodule
  • Informatik (MA120 LP) (Master) > Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2006/07 - SS 2013) > Sekundärmodule
  • Informatik (MA120 LP) (Master) > Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2013/14 - SS 2016) > Vertiefende Module der Vertiefungsrichtung `Bioinformatik`
  • Informatik (MA120 LP) (Master) > Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2016/17 - WS 2022/23) > Vertiefende Module der Vertiefungsrichtung `Bioinformatik`
Modulverantwortliche/r
Weitere verantwortliche Personen
PD. Dr. Jan Grau
Teilnahmevoraussetzungen
Kompetenzziele
  • Die Studierenden haben ein Verständnis für Möglichkeiten und Limitationen moderner Sequenzerverfahren
  • Die Studierenden kennen Datenstrukturen und Algorithmen für die Lösung bioinformatischer Problemstellungen der Sequenzanalyse und können deren Effizienz einschätzen
  • Die Studierenden erkennen strukturelle Gemeinsamkeiten von Algorithmen aus verwandten Bereichen der Sequenzanalyse
  • Die Studierenden können eigene Algorithmen für einfache Probleme der Sequenzanalyse entwickeln
Modulinhalte
  • Thematisch werden aktuelle Sequenzierverfahren (Next- und Third-Generation) vorgestellt und deren Eigenschaften diskutiert. Es werden Algorithmen und Datenstrukturen für das Mapping (u.a. FM-Index), Assemblierung (OLC, De-Bruijn), für die Erstellung und das Mapping auf Genom-Graphen, die RNA-Sekundärstruktur-Vorhersage (Nussinov, Zuker, kontextfreie Grammatiken) und statistische Sequenzanalyse (Hidden-Markov-Modelle) behandelt.
In Übungsaufgaben werden diese Algorithmen analysiert und implementiert, und eigene Algorithmen für spezifische Teilprobleme entworfen bzw. existierende Algorithmen erweitert.
Lehrveranstaltungsformen Kursus (2 SWS)
Kursus
Kursus (2 SWS)
Kursus
Unterrichtsprachen Deutsch, Englisch
Dauer in Semestern 1 Semester Semester
Angebotsrhythmus Modul jedes Wintersemester
Aufnahmekapazität Modul unbegrenzt
Prüfungsebene
Credit-Points 5 CP
Modulabschlussnote LV 1: %; LV 2: %; LV 3: %; LV 4: %.
Faktor der Modulnote für die Endnote des Studiengangs 1
Hinweise
Vertiefendes Modul der Vertiefungsrichtung "Bioinformatik"
Modulveran­staltung Lehrveranstaltungs­form Veranstaltungs­titel SWS Workload Präsenz Workload Vor- / Nach­bereitung Workload selbstge­staltete Arbeit Workload Prüfung incl. Vorbereitung Workload Summe
LV 1 Kursus Vorlesung 2 0
LV 2 Kursus Selbststudium zur Vorlesung 0
LV 3 Kursus Übung 2 0
LV 4 Kursus Bearbeiten der Übungsaufgabe 0
Workload modulbezogen 150 150
Workload Modul insgesamt 150
Prüfung Prüfungsvorleistung Prüfungsform
LV 1
LV 2
LV 3
LV 4
Gesamtmodul
Erfolgreiche Bearbeitung von Übungsaufgaben, Erfolgreiches Vorrechnen von Übungsaufgaben
mündl./schriftl./elektron. Prüfung
Wiederholungsprüfung
Regularien Teilnahme­voraussetzungen Angebots­rhythmus Anwesenheits­pflicht Gewicht an Modulnote in %
LV 1 Wintersemester Nein %
LV 2 Wintersemester Nein %
LV 3 Wintersemester Nein %
LV 4 Wintersemester Nein %