INF.08064.01 | 5 CP |
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Module label | Angewandte Bioinformatik |
Module code | INF.08064.01 |
Semester of first implementation | |
Faculty/Institute | Institut für Informatik |
Module used in courses of study / semesters |
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Responsible person for this module | |
Further responsible persons |
PD. Dr. Jan Grau |
Prerequisites | Objektorientierte Programmierung (Studienleistung) |
Skills to be acquired in this module |
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Module contents | Thematisch werden verschiedene Bereiche der Bioinformatik wie die Auswertung von Sequenzierungsdaten, multiple Alignments, schnelle lokale Alignments, Modellierung von Proteindomänen und die Anwendung von Methoden des Maschinellen Lernens behandelt. Konkrete bioinformatische Probleme (Datenbankabfragen, Sequenzvergleiche, differentiell exprimierte Gene) werden u.a. mittels der Programmiersprachen R und Python unter Anwendung bioinformatischer Bibliotheken (Biopython, Bioconductor) gelöst. Standardprogramme der Bioinformatik (BLAST, Clustal, HMMer, DESeq u.a.) werden auf Daten angewendet und Ausgaben dieser Tools interpretiert und diskutiert. Die Erstellung von Grafiken/Plots, deren Anwendungsfelder und Vor- und Nachteile werden vorgestellt und praktisch angewendet. Methoden des Maschinellen Lernens (überwacht und unüberwacht) werden erklärt und auf Daten angewendet. Gütemaße und Bewertungsschemata für Klassifikations- und Regressionsprobleme werden vorgestellt. |
Forms of instruction |
Lecture (2 SWS)
Exercises (2 SWS) Course Course |
Languages of instruction | German, English |
Duration (semesters) | 1 Semester Semester |
Module frequency | jedes Sommersemester |
Module capacity | unlimited |
Time of examination | |
Credit points | 5 CP |
Share on module final degree | Course 1: %; Course 2: %; Course 3: %; Course 4: %. |
Share of module grade on the course of study's final grade | 1 |
Module course label | Course type | Course title | SWS | Workload of compulsory attendance | Workload of preparation / homework etc | Workload of independent learning | Workload (examination and preparation) | Sum workload |
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Course 1 | Lecture | Vorlesung | 2 | 0 | ||||
Course 2 | Exercises | Übung | 2 | 0 | ||||
Course 3 | Course | Übungsaufgaben und Prüfungsvorbereitung | 0 | |||||
Course 4 | Course | Selbststudium zur Vorlesung | 0 | |||||
Workload by module | 150 | 150 | ||||||
Total module workload | 150 |
Examination | Exam prerequisites | Type of examination | |
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Course 1 | |||
Course 2 | |||
Course 3 | |||
Course 4 | |||
Final exam of module | Erfolgreiche Bearbeitung von Übungsaufgaben, Erfolgreiches Vorrechnen von Übungsaufgaben, Vorführung von Programmen am Rechner |
mündl. Prüfung oder Klausur |
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Exam repetition information |
Prerequisites and conditions | Prerequisites | Frequency | Compulsory attendance | Share on module grade in percent |
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Course 1 | Summer semester | No | % | |
Course 2 | Summer semester | No | % | |
Course 3 | Summer semester | No | % | |
Course 4 | Summer semester | No | % |