Seminar: Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik - Details

General information

Course name	Seminar: Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik
Subtitle	SR 2.25
Course number	INF.01073.01
Semester	SS 2020
Current number of participants	5
expected number of participants	15
Home institute	Bioinformatik
participating institutes	Institut für Informatik, Praktische Informatik (Bioinformatik)
Courses type	Seminar in category Offizielle Lehrveranstaltungen
First date	Tuesday, 14.04.2020 10:15 - 11:45
Studiengänge (für)	Master Bioinformatik, Master Informatik, Diplom Bioinformatik (Hauptstudium)
SWS	2
ECTS points	5

Lehrende

• Dr. rer. nat. Jan Grau

Topics

Metagenomics, Long-Read-Assembly, HiC-Daten, Single cell omics, t-SNE/UMAP, Imputation, Sars-Cov2

Rooms and times

No room preference

Tuesday: 10:15 - 11:45, weekly

Fields of study

• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Fachrichtungen > Bioinformatik
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Master
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Themen > Bio-Informatik
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Themen > Mustererkennung
• Naturwissenschaftliche Fakultät III - Agrarwiss., Geowiss. und Informatik > Informatik > Institut für Informatik > Themen > Programmierung

Module assignments

• Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung valid from SoSe 2023 > Bioinformatik (HI) (Anteil gem. § 5 Abs. 4-6, Anlage 2) > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, valid from WS 2006/07 > LV 1: Kursus (Seminar)
• Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2016/17 - WS 2022/23) > Bioinformatik (HI) > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, valid from WS 2006/07 > LV 1: Kursus (Seminar)
• Bioinformatik BioinformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2009/10 - SS 2016) > Bioinformatik > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, valid from WS 2006/07 > LV 1: Kursus (Seminar)
• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung (WS 2006/07 - SS 2013) > Primärmodule > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, valid from WS 2006/07 > LV 1: Kursus (Seminar)
• Informatik InformatikMA120, Akkreditierungsfassung valid from SoSe 2023 > Vertiefende Module der Vertiefungsrichtung `Bioinformatik` > INF.01073.04 - Ausgewählte Kapitel der Bioinformatik, valid from WS 2006/07 > LV 1: Kursus (Seminar)

Comment/Description

In diesem Seminar beschäftigen wir uns mit aktuellen Fragestellungen und deren Lösungsansätzen im Bereich der Bioinformatik. Ein Schwerpunkt liegt hierbei auf Publikationen der letzten Jahre, die sich u.a. mit der Vorhersage von miRNA-Zielen, der de-novo Motiverkennung oder allgemein der statistischen Mustererkennung beschäftigen. Insbesondere die Untersuchung und der Vergleich verschiedener methodischer (Lern-) Ansätze sind hierbei von Interesse. Neben der theoretischen Auseinandersetzung ist auch die praktische Umsetzung eines (überschaubaren) Teiles der vorgestellten Methoden Teil der Veranstaltung. Um die praktische Umsetzung zu erleichtern, wird es in den ersten Wochen des Seminars eine überblicksartige Einführung in verschiedene Programmierbibliotheken geben.

Zu diesem Zweck wird jede/r Teilnehmer/in im ersten Teil der Veranstaltung einen wissenschaftlichen Vortrag zu einer speziellen Publikation oder zu einem abgegrenzten Themenbereich halten. Im Rahmen der Diskussion des Vortrages soll auch diskutiert werden, welche methodischen Teile sich für eine praktische Umsetzung eignen. In einer anschließenden Phase des Selbststudiums erfolgt die Umsetzung der Methodik und - soweit verfügbar - der Test auf den Originaldaten der Publikation. Die Ergebnisse werden schließlich in einem zweiten Kurzvortrag vorgestellt und mit allen Teilnehmer/innen diskutiert.
Die schriftliche Ausarbeitung, die 15 Seiten nicht übersteigen sollte, stellt schließlich die Originalpublikation (bzw. den Themenbereich) dar und berichtet über die praktische Umsetzung.