Die Vorlesung beinhaltet die Grundlagen der Massenspektrometrie, die zu den wichtigsten experimentellen Analysemethoden zur Messung von Stoffwechselprodukten (Metaboliten) und Proteinen (z.B. Enzyme) gehört. Wichtig sind dabei die Eigenschaften der Messdaten, und später die Konsequenzen für die Analyse und Interpretation dieser Daten.
Es werden die Quantifizierung (mit Methoden der Signalverarbeitung) und Identifizierung (mit Methoden der Chemieinformatik) von Metaboliten behandelt. Die gleichen Aufgaben stellen sich auch bei Proteomics, hier werden die Proteine aber oft indirekt über Peptidfragmente beobachtet.
Publizierte Daten können der Startpunkt für eine Datenauswertung sein, und andererseits werden aus wissenschaftlichen Projekten heraus zunehmend die experimentellen Daten veröffentlicht. In der Vorlesung werden daher auch Aspekte des Forschungsdatenmanagements behandelt.
